¿Cómo hago para cargar un archivo plano de 4 Megas?

El script php abre el archivo plano (pesa 4 megas y 50.000 registros), borra la tabla, recorre cada registro e inserta cada uno en la tabla.
Tiempo aproximado 110 segundos.
El php.ini de un hosting comercial es time_maximum = 30 seg. Los administradores no lo cambian para no degradar el desempeño del servidor.
Al cabo de los 30 segundo solo sube una parte de los registros.
¿Cómo optimizo el php, o como se suben registros pesados a una base de datos Mysql?
Los administradores del servidor no suben ni cargan el archivo, no se puede partir ya que es una aplicación para que el cliente mediante un link (previamente haber subido el archivo plano FTP), cargue la base de datos con la nueva información.
He tratado de usar EMS_MySQL_Manager 2-8-5-5 version profesional, pero al tratar de registrar el host al puerto 3306, mi proveedor de internet me saca el siguiente error:
"Host 200-91-216-46-host.ifx.net.co`is not allowed to connect to this Mysql server"
Y asì pasa con cualquier proveedor de internet debe ser por el puerto.
¿Existe un programa que yo pueda administrar(importar) datos en Mysql remotamente?
Como gago para cargar ese archivo plano si no es con los administradores o partiéndolo
Gracias
almonato