Win98 y linux

Tenia un disco de 40 gb. Con win98 ya instalado, con el partition magic lo reduje y lo deje en 20, quería las otras 20 para linux, ahora al instalar linux en esas 20 siempre me sale error en rpm y no me arranca. Tengo entendido que el arranque del disco llega hasta el cilindro 1024 pero la partición para win98 está en un cilindro superior y está si que arranca bien, sin embargo linux no lo consigo arrancar