Páginas PHP excesivamente lentas

En realidad esta pregunta es para aclarar una duda que tengo respecto de la programación de mis páginas.
Tengo un par de sitios web dinámicos realizados en PHP donde en un único archivo "index.php" almaceno TODA la presentación de las páginas que conforman el sitio y luego las muestro dependiendo de la URL recibida; las consultas a la base de datos las realizo de igual manera en un único archivo "consultas.php" donde se almacena TODAS las consultas, clases y objetos.
Sin embargo, al compararlas con el desempeño de otros sitios en lenguaje PHP que tienen un archivo ".php" por cada sección del sitio, éstas se descargan con mayor rapidez.
Mi inquietud es sobre la manera en que manejo la programación, si es una buena practica realizarlo de esta forma en PHP o es preferible la división por cada sección del sitio; y si esto inside en la velocidad de descarga de mi sitio web; de igual forma pedirle si pudiera ayudarme con un artículo o URL que trate sobre este tema le agradecería infinitamente.

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Es muy bueno que tengas tu código separado por secciones... dependiendo de el tamaño de tu aplicación aplicaría la cantidad de archivos de configuración que deberías tener, configuración, layout, bd, consultas etc... Aunque haces bien en separar la configuración y las cosas 'reutilizables' todavía puedes separar aun más el esquema de tu aplicación, te sugiero investigues sobre MVC (Patrón de diseño Modelo-Vista-Controlador).
Comparar tus aplicaciones con otras y que el resultado sea que la tuya es más lenta no significa que estés haciendo las cosas mal sino que de repente las otras páginas usan algún framework, CMS o administrador de Portal que aceleran la aplicación, también ayudan mucho los aceleradores para PHP. En fin si quieres y por lo que veo si... tener una aplicación profesional puedes optar por un framework que te ayude en el manejo de seguridad, cache, enrutamiento, abtracion de datos etc o un CMS Para el desarrollo rapido de una aplicación sin lógica de negocio... quizás por alguna de estas herramientas las otras páginas sean más rápida
Recuerda que un framework es una herramienta desarrollada por varias personas y en el caso de Symfony (que es el framework que te recomiendo) es apoyado por millones de programadores php en el mundo.
Joomla es el CMS que te recomiendo, Esta demás decir que es excelente.
Si eliges Symfony veras la gran cantidad de archivos de configuración que puedes tener en un proyecto.
Saludos cordiales.
http://es.wikipedia.org/wiki/Modelo_Vista_Controlador
http://www.symfony-project.com/
http://www.joomlaspanish.org/
P.D. Por favor cerrar y valorar la respuesta, para que más personas como tu puedan realizar sus preguntas aquí en todoexpertos.com
<div id="_mcePaste" style="overflow: hidden; position: absolute; left: -10000px; top: 222px; width: 1px; height: 1px;">http://www.joomlaspanish.org/</div>
Muchas gracias por tu respuesta, se nota que conoces mucho del tema... En realidad no soy principiante pero tengo que mejorar mis proyectos en un sentido más profesional y administrable, en cuanto Joomla lo conozco pero no lo utilizo pues prefiero desarrollar sitios a medida.
Si pudieras ayudarme un poco más con una orientación o manuales de ingeniería de software orientados a PHP te agradecería infinitamente.
Respuesta
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En un principio el hecho de que esté todo en el mismo archivo no debería enlentecer la ejecución.
Aquí te hay un artículo muy bueno con consejos para optimizar tus aplicaciones PHP.
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/como-optimizar-tus-aplicaciones-php/

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