Php es un lenguaje de servidor. Para que pudieras validar el input tendrías que recargar la pagina, pero lo que estas preguntando no lo realiza de ese modo sino con javascript, que lo hace en tiempo real.
Realmente el planteamiento depende de tu sitio web, pero normalmente se incluye una validación en javascript que recoge el valor ingresado por el usuario en el campo contraseña 1 y en el campo contraseña 2 y lo compara entre si. Si coinciden es correcto, y se añade la funcionalidad de mostrar el tic en verde, y si no en rojo.
De igual manera se puede utilizar php para las validaciones, pero deben hacerse consultas Ajax.
PD: como javascript es lado del cliente, no esta de mas que realices la operación en php para asegurarte, una vez enviado el formulario y si no hay peligro de integridad en la aplicación (para un usuario es perfecto, pero si estas intentando procesar 10000000 de usuarios quizás no sea el planteamiento correcto, todo depende)
PD2: te aconsejo que encriptes tus passwords utilizando las funciones mcrypt incluidas en el core de php desde la version 5.4 creo recordar. No uses md5 o sha para passwords ni datos sensibles en general