Conviene manejar una base de datos o varias

estoy realizando un aplicativo la cual consiste como realizar módulos lo que tengo pensado es así.

tres base de datos llamadas psorino y otra base de datos panoramas y condiciones de salud estas bases tiene tablas de similitud necesarias como empleado , empresas. La pregunta es.. Es conveniente dejarlas aparte o meter todas las tablas en una sola base de datos ....