Mysql y phpmyadmin

Espero puedas ayudarme en lo siguiente. Estoy haciendo mis practicas con un servidor linux instalado en modo consola el cual trabaja como un servidor de base de datos MySQL y también trabaja como un servidor web apache en la cual esta alojado 3 diferentes dominios o páginas web para ello se ah configurado en el apache los virtual hosts.
Ahora bien, hay una aplicación que trabaja con una base de datos llama bd1 y aparte hay una copia de dicha base de datos la cual se cambio el nombre y se llamo db2 para que trabaje con una página web. La copia se hizo por seguridad ya que trabaja (on line) con la página web en cambio la original trabaja con un software de manera local. El problema es que la base de datos que ha sido constantemente actualizada es la original ya que la misma aplicación tiene una opción para ingresar los nuevos datos. El problema es que la bd2 no ha sido actualizado. Creo que la forma más rápida seria traladar las tablas desde la base de datos actualizada (db1) ha la base de datos db2. Ahí mi consulta como puedo hacer eso, que herramienta me rcomiendas y como lo configuro. Otra alternativa seria instalar el phpmyadmin pero hasta ahora no logro instalarlo, espero puedas ayudarme en eso también. Para más detalle las bases de datos trabajan con tablas hechas en ACCESS y para acceder al servidor utilizo un cliente ftp llamado winSCP.