No he hecho nunca una aplicación de escritorio que conecte con un servidor, y es posible que ahí radique el problema, pero por lo demás puedes hacerla como si de una web se tratara. Te digo lo que yo hice para crear una aplicación en javascript instalable en los sistemas operativos, pero ni mi aplicación cargaba datos externos, ni tenia que ejecutarse como un widget ahí persistente todo el tiempo, sino tenias que hacer doble click como cualquier programa, y abría una ventana como cualquier programa, pero funcionaba y estaba escrito en javascript.
El programa que yo realicé era un simple reloj cronómetro, que usaba la hora local para mostrar y utilizar la hora. No usé librerías por lo que tampoco se si jquery por ejemplo puede ser utilizado, pero pienso que si.
Lo que yo hice fue la aplicación web primero, y una vez la tuve correcta, utilicé el tutorial de Mozilla para crear apps para firefoxOS, puedes encontrar aquí la información que usé
https://developer.mozilla.org/es/Apps/Quickstart/Build/tu_primera_aplicacion
Básicamente era crear un directorio que contuviera tu aplicación y un manifest con la estructura y ubicado donde te indica el link, y una página instalador que es un link con una instrucción determinada que le indica al navegador que lo instale en el sistema. Esto también está explicado en el link.
Después, tenía la limitación que tenía que usar firefox (o derivados) para instalarla, pues era una aplicación para firefoxOS, pero si lo abrías con el sistema operativo que fuera lo instalaba igual, y corriendo sin problemas. Si lo abres con chrome por ejemplo (el instalador) este no te instalaría la aplicación porque este (el instalador) usa las herramientas de firefox para instalar, no las de chrome u otro navegador.
Entonces conseguí instalar el programita en linux, windows xp y 7, android (aquí tardaba bastante en arrancar) no recuerdo la version y por supuesto firefoxOS.
La solución del link que indicas esta muy bien, creo que podrías si no intentar eso aunque te cueste, no pierdas la esperanza cuando no entiendas las cosas ya que paso que des paso que estarás más cerca de lo que quieres, aunque usa java y si no sabes nada de nada quizás te quede un camino largo... pero cuando termines vas a ver que lo aprendido ha sido importante también. Aquí no puedo ayudarte más que decirte que para desarrollar en java debes instalarte el kit de desarrollo y utilizar un ide como eclipse, en la web de java tienes toda la información al respecto para dejar el sistema listo para desarrollar en java, pero es más que instalar un programa. No quiero desanimarte ni mucho menos, al contrario te animo a que lo hagas :)