Formatear disco duro externo

Tengo un disco duro de ordenador portátil de 320 GB (o eso ponía escrito en el disco)que he convertido en externo con una caja externa usb y quiero formatearlo. El problema es que cuando lo conecto me reconoce como si conectara 2 unidades, una que pone que tiene 297 GB (con todo el contenido que tenia el ordenador) y otra que pone que tiene 99,9 MB, y no se por que. El sistema operativo que tengo es windows 7, por si tuviera algo que ver. ¿Cómo hago para formatear el disco de una vez? ¿Tengo qué tratar las unidades por separado o juntarlas o que?

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Lo normal seria que solo te detectase una unidad de unos 300GB ya que aunque sean 320 siempre hay una perdida de capacidad por temas de sistemas de archivos, etc entonces si te aparecen 3 unidades ahora mismo puede que hayan hecho 2 particiones al disco duro externo.
Para formatear las particiones y ver el estado en el que estan lo mejor es que vayas al administrador de discos, aqui tienes un pequeño manual muy simple: http://www.abueloinformatico.es/vertutoriales.php?id=195&titulo=Administrar%20particiones%20en%20Windows%207&cat=Windows
Supongo que no tendrás ningún problema pero sino ya sabes donde estoy...
El tutorial esta guay, gracias! Lo que pasa es que de las 2 unidades que me salen, que ya veo con el administrador de discos que es que esta particionado, la pequeña de las dos, la de 99,9MB se llama "Reservado para el sistema". Igual es porque el disco duro venia de un portátil, no se. Lo que no se es si pasa algo si me la cargo y lo dejo todo sin particiones.
También quería preguntarte cual es el mejor sistema para formatear, porque he leído por ahí que no se que del sistema fat32 y de que para discos grandes no te deja windows, pero no se si tengo que hacerlo así o da igual o que.
Muchas gracias de nuevo
Hay algunas marcas que hacen esa pequeña partición para que en caso de tener que formatear pulsas unas serie de teclas al arrancar (depende de la marca) y te deja el Pc o portátil como reciel salido de fabrica, con todos los programas y todo configurado, es lo mismo que hacer un GHOST pero más cómodo y fácil.
En este ordenador no va a pasar nada porque la borres ya que aunque quisieras no funcionaria este sistema siendo disco duro secundario o externo.
Y el sistema de archivos casi mejor el NTFS ya que el FAT32 no admite archivos de más de 4 gigas por lo que si te bajas una peli en HD no la podrás grabar si tienes FAT32...

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