GAG gestor de arranque

Saludos ante todo
Baje el "gag gestor de arranque" por que tengo dos discos cada uno con una partición primaria solamente por toda la capacidad y con sistemas operativos distintos. Para entrar a cada uno de ellos debo ir al setup por que si se crea el menu en uno el C y después debo formatear el C por algo al final debo formatear los dos y ya no quiero eso. Un amigo me recomendó este soft me dijo que es mejor ponerlo en un disquete y desde el bios poner al floppy como primera unidad de boteo ya lo hice así.
Pregunto: ¿En algo se pueden dañar los sistemas operativos con esto?
¿Luego de configurar el programa quiero sacarlo al gag del C y dejarlo solo configurado en el disquete, se puede? Haré dos o tres disquetes por si uno falla
¿Desde allí podré elegir con cual disco botear? Los dos son arrancables.
¿Qué medida de precaución debo tomar?
Gracias y mucha suerte