Es muy extraño lo que dices lo primero que digo es que tengas paciencia para no destruir los datos.
Bajate este software primero
http://www.ghisler.com/
Se llaman Total commander, es un gestor de archivos ... con el aparecen dos ventanas donde ves los archivos del disco .. es 100 veces mejor que el explorador, deja de usarlo ya! Con este software tienes total control de los archivos y directorios ademas de muchas otras opciones más y utilidades.
Una vez que lo instales aparecen tres carteles con numerito tienes que apretar el que figura .
Una vez ahí cargado ve a CONFIGURACIÓN luego OPCIONES, LUEGO se abre un menu y selecciona PANTALLA ve a las opciones y tilda VER ARCHIVOS OCULTOS una vez ahí, cierra las opciones ve al directorio misterioso y entra usando las flechas de cursor para recorrerlos y fíjate si aparecen .
Si aparecen posiciónate en el primer directorio u archivo y presiona INSERT para seleccionar uno a uno o SHIFT + END para seleccionar hasta el fondo todos los directorios una vez que estos aparezcan marcados no apretes por ningún motivo las teclas F6 o F5 o F8 o F4
Hasta que lo aprendas a manejar veras que abajo figuran las teclas y dicen que hace cada una bueno tu tienes que ir luego al menu superior y selecciona ARCHIVO luego CAMBIAR ATRIBUTOS y ahí aparece un nuevo menu donde debes desclikear la opción H OCULTO y marcar la opción A FICHERO. Y luego una vez hecho todo esto deberías poder volver a ver los archivos en el explorador pero deja de usarlo es mi consejo ya que a veces ocurren cosas como estas y si no sabes mucho te vuelves loco.
No te olvides de puntuar mi respuesta. Éxitos dime si no sirvió.