Partición de disco con problemas

Estoy utilizando el Partition Magic Pro 7.0 para hacer una partición de mi disco duro.
La partición se ha realizado perfectamente y además me preparó para introducir un
nuevo sistema operativo que fue W98se, ya que tenía instalado el W2000Pro y quría
tener los dos.
El problema es que tras meter el W98se, me pide (por defecto)reiniciar en el modo
ms-dos, lo hago introduciendo el disquete que he creado previamente y espera una
orden o algo así, y pensaba que el disquete le daría las ordenes a la BIOS, como
ocurría con el Partition Manager y me daría a elegir un SO pero no es así.
Hago que lea la unidad A, y la lee pero no me soluciona nada. Cada vez que reinicio
me aparece W98se y no puedo acceder a mi W2000 antiguo.
¿Cómo lo puedo hacer? ¿Qué he hecho mal?
2 Horas después...
He conseguido arrancar con el Partición Manager y me reconoce que hay dos particiones de disco una sin So y otra con W98se y solo me aparecen las propiedades del 98, pero el 2000 ha desaparecido. Me da la intuición que la solución está en la BIOS, pero no es más que una intuición. Si me pudieran ayudar se lo agradecería, porque estoy desesperado con el tema