Archivos que se dañan en cada formateo

Que tal, antes que nada agradezco la atención y la ayuda que puedas brindarme.
Doy mantenimiento a PC's y tengo experiencia en el campo, pero esto si no me ha sido posible resolverlo. Ojalá puedas ayudarme a resolver este problema con mi PC, tengo 2 discos duros, 1 para el SO (WinXP) de 40GB (IDE) y otro para respaldo de 250GB (SATA), el problema que tengo es que cada vez que formateo algunos de los archivos que están en el disco duro de 250 se dañan, ya le he dado mantenimiento con la herramienta del checkdisk del XP, ya he revisado la partición (que es NTFS) con el Partition Magic y este problema continúa. Mientras los archivos son guardados en la instalación del SO actual no hay ningún problema, llámense imágenes, respaldos de DVD's de video, etc., no hay fallo alguno, pero si necesito por la razón que sea darle un formateo a la PC me sale al inicio de la instalación, después de la pantalla que sale donde se están cargando los primeros archivos para la instalación (pantalla azul con una línea amarilla que va llenándose) una pantalla que en ninguna otra instalación me ha salido, no recuerdo el texto exacto, pero me dice: agregando indice 0 al archivo... Y en los (...) es el nombre del archivo, que en este caso son bastantes, pues según yo ha demorado poco más de 10 minutos mostrando esa pantalla.
Ojalá puedas ayudarme con esto.
Un saludo!