Tienes que tener disponibles bahías para ponerlos, ya que no es aconsejable que estén sueltos ya que no tendrían mucha validez si los dejas dentro y no hay corriente de aire. Lo que tienen que hacer los ventiladores es introducir aire o sacarlo. Los ventiladores tienen que caber en las bahías y estar atornillados por lo que las bahías tienen que ser del tamaño de los ventiladores así como los tornillos.
Lo más aconsejable es que sean ventiladores que se enganchen a la fuente de alimentación, no te recomiendo que si tu placa tiene alimentadores de ventilación los enganches a esta ya que vas a producir que pase más corriente por esta y por lo tanto haya propensión al calentamiento y por ende al mal funcionamiento de la máquina.
Tienes que hacer un cálculo de consumo de los dispositivos que tienes para saber que si vas a meter dos ventiladores más no estés forzando a la fuente de alimentación, esta tiene que ir holgada. Puedes hacer el cálculo con:
http://www.extreme.outervision.com/psucalculator.jspSi no quieres hacer el cálculo asegurate de que tienes una fuente de alimentación potente de entre unos 450 y 600 W.