Valle de lagrimas

El problema tiene toda la pinta de ser fallo de hardware de la placa base. Si has cambiado la pila y el reloj sigue sin funcionar bien está claro que está fallando la placa base. El reinicio con errores podría deberse a windows pero si dices que pulsando el botón de encendido se soluciona (o no) también puede estar fallando la placa o la fuente de alimentación. El tema del apagado con problemas puede deberse efectivamente a la instalación del ventilador de la Voodoo porque dices que sucede desde que lo has instalado. Podrías probar a cambiar la fuente de alimentación por si ese fuera el problema pero si la cambias y persiste entonces tendrás que plantearte el cambio de placa base.

Si tiene menos de un año, ¿no debería tener garantía tu equipo? ¿O te lo has montado tu a piezas?
El tema del reloj deberías cambiarlo en el Setup de la BIOS de tu placa, si es que tiene la pila nueva debería conservar la hora que le introduzcas así como la fecha. Para acceder a la BIOS pulsa en el arranque la tecla SUPR.
Si aun cambiando en la BIOS la fecha y hora, y con la pila nueva, no se conserva este parámetro, el problema puede ser más jodido, como una placa en mal estado. Ni el procesador, ni la memoria o la tarjeta gráfica deberían de dar esos problemas, ni siquiera con el chundos 98.
También sería interesante que reinstalases el windows 98 desde cero, es decir, particionando tu disco, formateándolo, y haciendo la instalación desde cero.
Consulta la información de tu placa base que debe de estar incluida en la documentación del equipo, sobre como acceder a ella, y los parámetros que son configurables por el usuario. También dentro de todas las BIOS existe una opción para el Apagado/ Suspendido del equipo desde los sistemas operativos que soportan esta opción. Es posible que dicha opción de la BIOS no se encuentre en la opción adecuada que debería ser Default.

Creo haberte respondido antes si no es así avisame y te ayudare..
Mil disculpas, si no no hay problema