A bajo nivel suponemos que es dejar todos sus bytes completamente a cero. Para ello no creo que haya ningún programa en sitios de descarga, porque eso se supone que es para borrar información "peligrosa". Si puede haber por páginas dedicadas mayormente a hacking. Mira por el google a ver si encuentras algo. Para ello deberás de disponer de otro disco duro con el sistema operativo y tener el que quieres borrar como suplementario, porque el disco duro (inicio, FAT e información) no se puede borrar así mismo. En caso de querer limpiarlo simplemente para que absolutamente todo desaparezca aunque sus bytes no estén a cero, lo puedes hacer sin otro disco duro. Sería hacerlo desde por ejemplo el cd de instalación de windows 98, y formatearlo desde el propio cd, ya que su instalación carga el mínimo de sistema (en ms-dos) y tiene las funciones del ms-dos (format, fdisk, etc..)
Si es por eso, no tienes porque eliminar a bajo nivel. Al formatearlo pero desde ms-dos, el propio formateo apartará a los sectores malos y te dejará todo el disco restante. Con eso podrás instalar sin problemas el sistema operativo. Pero lo debes formatear desde ms-dos, a través de disco de arranque en ms-dos o a través del cd de instalación por ejemplo del windows 98.