En la FAQ de Yamaha sobre la 2100E hay muchas referencias a las actualizaciones de firmware y siempre recomiendan hacerla otra vez si ha habido algún problema o volver a bajarla por si estaba dañada. No hay ninguna respuesta al problema que tu tienes pero lo mejor sería volver a poner el firmware anterior para ver si así se soluciona y poder confirmar que el problema se debe a esa versión del firmware. Para conseguir la versión de firmware anterior, te pego la respuesta de Yamaha:
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Question: Su página web solamente tiene la última versión del programa de fábrica, pero mi programa de masterización requiere una edición anterior. ¿Cómo puedo conseguir una versión más antigua del programa de fábrica de mi grabadora Yamaha?
Respuesta: Dada la confusión de disponer de demasiadas versiones de actualización para escoger, Yamaha ha decidido ofrecer solamente un acceso directo a la última versión desde la web. Si necesita una versión más antigua, puede mandar un E-mail pidiéndolo al servicio técnico de asistencia de Yamaha. Asegurarse de incluir el modelo de grabadora, la razón de por qué se necesita una desactualización y, en su caso, quién le ha informado de lograr la desactualización.
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Para enviar este e-mail, dirígete a la dirección
http://www.yamaha-it.de/spain/index.html y después de hacer cualquier pregunta te saldrá una página con las respuestas. En cada una de ellas puedes seleccionar el teléfono de soporte o enviar un correo con tu pregunta.