Remplazar datos de una tabla muy grande

Buen Día:
Necesito su apoyo para reemplazar datos de una tabla que contiene más de 4,000,000 de registros,
Probé con un do case y un contador que fuera registro por registro, pero me marca el error (301) que el bucle solo puede ser a 128 niveles.
Ahorita lo tengo con un timer que cada segundo lo haga pero tarda como 3 horas en terminar de hacerlo
teniendo en cuenta que le pongo un intervalo de 1
Alguna idea para reducir el tiempo...