Ejecutar aplicación remota en el cliente

Afortunadamente para ti es un caso poco complicado.
Lo que debes hacer es crear una conexión remota RDP y en la pestaña "programas" activas la casilla de verificación "iniciar el siguiente programa al conectarse" y listo!
De esa forma cuando ejecutes el RDP solamente entrara a esa aplicación y si el usuario cierra el programa se cerrará también la conexión.
Recuerda que para remotear los equipos puedes levantar los protocolos según windows o puedes instalar el hamachi en los equipos que quieras crear el enlace y te conectas con esa ip asignada. Windows interpretará esa ip como local; de esa forma no tendrás que habilitar puertos ni nada de eso.
Me comentas cómo te fue. Recuerda que estamos para ayudarte.

Gracias por la sugerencia pero algo no me ha quedado claro, te cuento que es lo que he estado haciendo!
Tengo en mi servidor solo windows Xp s2 y como sabrás solo permite una conexión remota, pero en internet hay un parche que habilita varias sesiones al mismo tiempo y realmente funciona, el problema es que me muestra todo el escritorio pero como dije solo necesito ejecutar la aplicación, pero eso que acabas de sugerirme para crear un RDP y que vea en la pestaña de programas, no se si eso es para XP o te referís al terminal server de los windows server.
Gracias!

Creo no haberme dado a entender bien... ok, pero no importa. El parche funciona muy bien, yo lo tengo instalado en un pseudo-servidor de uno de mis clientes y hay 8 usuarios remoteando el mismo servidor (para que el software funcione a velocidad local) que al igual que tu también es un XP.
Un RDP te funciona igual para un server como para un Xp, no hay rollo con eso; a lo que yo me refiero es que el RPD tiene la facultad de solo habilitar un programa específico dejando deshabilitado el explorer.exe para que de esa manera sólo se habilite el programa que tu configures... es eso lo que deseas, si no me equivoco.
Cuando creas el RDP y das click en "opciones" el te habilita unas pestañas, hay una de ellas con nombre "programas" en ese recuadro, escribirás la ruta del .exe que quieres que se inicie (obviamente esta ruta será en el equipo remoto).
Ahora, debes tener en cuenta que si van a ser varios equipos los que van a ejecutar ese mismo programa, entonces en el pc que hace de servidor debes crear un perfil por usuario, instalando primero el parche lógicamente. Y a su vez en el RDP de cada usuario debes especificar el perfil por el que se logéa.
Hay, lo único que si tienes que hacer por tu cuenta es verificar si el programa lo puedes instalar en varios perfiles y alimenten así una sola base de datos.
Espero hacer aclarado tu duda. Me comentas como te fue. Éxitos.

Ahora si me quedo mucho más claro, configure la pestaña de acceso a programas, y definitivamente levanta solo la aplicación, también configure para que se guarde como un archivo .RDP y ejecutarlo directamente, el único inconveniente que encuentro es que un usuario puede modificar el archivo y desmarcar la opción de iniciar el programa, ¿hay alguna manera de evitar que eso suceda?
Gracias!

El archivo RDP es modificable, lo que yo hago es utilizar la imaginación para eso... aunque a la hora del té, también sería modificable. Pero bueno, con intentar no se pierde nada.
Mira, en el escritorio yo creo un acceso directo, y el RDP lo dejo en otra carpeta, podrías ocultar esa carpeta para que por equivocación no lo manipulen... en fin, hay ya es un poco de ingenio. Si llego a saber algún método concluyente te informo.
Éxitos, no olvides finalizar la pregunta y dar tu calificación. ;)