Spyware

Primero de todo, instalate el Microsoft AntiSpyware Tool, lo puedes conseguir en :
http://www.microsoft.com/athome/security/spyware/software/default.mspx
Instálalo, actulizalo, y luego de escanear todo el sistema y eliminar spyware (que habrá bastante, no te asustes), vas a Advanced Tools, Browser Restore, marcas "Check All" y le das a "Restore". Debería dejarte el Internet Explorer tal cual vino al mundo, y sin ninguna "trampa" de programas espía.
En el segundo punto, tu conexión de emule es totalmente correcta, y la velocidad también. Tu conexión es de 3 MegaBITS por segundo, lo que traducido a BYTES (dividir entre 8), resulta en 375KiloBYTES por segundo, que en raras ocasiones se alcanza, por lo que tus 200KB/s (no Kb/s, ojo a las mayúsculas, que especifican KB-ytes, o Kb-its), es lo normal. Ten en cuenta que el emule, el propio windows (sobre todo con el QoS activado), y los sistemas de comprobación de errores de la conexión usan siempre una parte del ancho de banda.
Busca en Google "Desactivar QoS" para ganar un pelín más (en tu caso unos 30KB/s), de velocidad, pero no esperes milagros, porque la velocidad del emule también va a depender de tu velocidad de subida, y normalmente las lineas asicronas (ADSL) tienen una velocidad de subida muy inferior a la de bajada (Posiblemente la tuya sera una 3000Kb(bajada)/256Kb(subida). Si es síncrona (misma subida que bajada) como tienes en algunos operadores de cable, podrías obtener cerca de los 300KB/s siempre que desactivaras el QoS y aumentaras la velocidad de subida en el eMule.
En resumen, si no quieres complicarte, dejala como esta, que va bien de sobra. Si quieres exprimirlo un poquito más (sobre todo para tener un margen a la hora de navegar), desactiva el QoS. (Quality of Service)

Como muy bien me indicaste, me conecté a través del enlace y bajé la aplicación, aunque en realidad figuaraba como Microsoft AntiSpyware Beta; nada más instalarlo me pidió actualizarlo, y así seguí el resto de pasos, pero no se ha solucionado el problema, me siguen apareciendo los mismos mensajes y con la misma frecuencia. ¿Altarnativas? ¿Alguna sugerencia?
En lo referente al tema de la velocidad, también seguí las indicaciones y en este caso fue de primera. Muchísimas gracias.
Espero tu contestación. Saludos.

Comprueba que en la sección de Browser Restore, en el lado de la derecha ("Restore Setting to"), no aparezca ninguna de las direcciones que mencionas al principio, y vete una por una y comprueba que todas coinciden con lo que pone a la derecha en la sección "Internet Explorer default setting: "
Una vez hecho esto, vuelve a "Check All" y "Restore", ahora si debería solucionarlo.
Si aun así tienes problemas, instalate algún otro antispy de confianza, por ejemplo el SpyBot S&D, o el Ad-Aware.
En ultimo caso, y si todo falla, puedes hacer una instalación de recuperación del XP, con el disco de arranque de XP.
Conservaras todos tus datos y configuraciones, pero perderás las actualizaciones (SP1/SP2), y tendrás que volver a realizarlas.
Si vas a usar la instalación de restauración, simplemente, en el arranque del CD, cuando te pregunte si deseas una la consola de recuperación, le dices que NO, que quieres Instaar Windows.
Pasado este punto, (y creo que la licencia), te detectara el XP actual y ahí si que debes decirle que quieres recuperar la instalación.
Pero antes de esto, haz lo que te dije al principio, y prueba también a escribir en ejecutar "SFC /SCANNOW", (Comprobador de Ficheros del Sistema) necesitaras el cd de XP si necesita restaurar algún fichero de sistema modificado.
A ver si así lo conseguimos.