¿Spam? MalwareBytes no busca amenazas en tiempo real, solo realiza escáneres a varios tipos de amenazas, pero entre ellas no está el spam.
Tienes varias opciones para evitar el spam:
-Si tienes Avast, puedes comprar Avast Internet Security por 40 euros(la versión gratuita no tiene anti spam)
-Puedes instalar SPAMFighter(no lo he probado, pero si los expertos de infospyware lo recomiendan es muy probable que sea bueno) http://www.infospyware.com/herramientas/spamfighter/
-La solución más sencilla y la que recomiendo es que si tienes un cliente de correo como Yahoo!, Gmail, Hotmail... es confiar en que tienen un buenísimo filtro anti-spam(sobretodo Gmail)
Todo esto suponiendo que hablas de correo basura y no de publicidad que te aparece en el navegador y en la barra de tareas.
Saludos y espero haberte sido de ayuda.