Windows 2000

-Creas un disco de arranque con el win98 que tienes (inicio, configuración, panel de control, - agregar o quitar programas, pestaña disco de inicio). 2.-Arrancas la computadora con el disco de inicio y esperas a que pase todo el proceso de arranque... te va a pedir como quieres iniciar y escoges con compatibilidad de CD-ROM... una vez que haya terminado vas a estar en símbolo del sistema iniciando con esto (A:\) escribes format C: y das enter te aparecerá un mensaje de que si estas seguro que que vas a formatear le das que si... esperas a que termine de formatear tu disco ... luego... metes el disco de win98 (te recomendaría el WinMe) a la unidad de Cd... tecleas E:\dir y presionas enter y te mostrara los archivos que contiene el disco estando en la unidad E: o F: tecleas instalar.exe (esto es para que instales el SO), sigue el asistente llenando lo que te pide y listo quedo el SO instalado... Suerte.

Consíguete un disco de inicio de win98
Configura tu sistema para que arranque desde A:
ejecuta fdisk.exe
Se te persentara un menu con varias opciones
elimina todas las particiones
si te parece complicado tomate tu tiempo trata de entender lo que tienes que hacer por ejemplo siempre se borran las unidades lógicas antes que las unidades físicas y luego primero se borran las particiones extendidas del dos y las particiones no dos que las particiones del dos.
Principalmente debes borrar la que tiene el sistema de archivos NTFS
crea una nueva partición que ocupe todo el disco
esta nueva partición sera del sistema de archivos fat32 del dos
si lo consigues reinicia la maquina y recién puedes formatear el disco duro.
En este momento copia el instalador del win 98 a tu disco duro e instálalo .
Suerte

Dime, es un windows 2000 update el que instalaste?
¿Borraste tu equipo y instalaste el Win2000?
¿Qué no te funciona? Tal vez sea solo configurar algo.
Si no lo quieres del todo, solo formatea el disco.
Suerte