Win

Antes que nada te diría que revises tu pc con un buen antivirus, de ser posible te recomendaría que por lo menso utilizaras dos distintos y actualziados. EL archivo ntdlr, es un archivo oculto y de sistema, que se ejecuta apenas arranca windows, en gral, es un archivo que se usa como complemento de gestores de booteo. Los virus como el magister, lo sobreescriben, en caso de estar totalmente seguro que no tienes virus, puedes tratar de verificar que los sectores de arranque de tu disco estén buenos, esto lo haces con el comando DOS FDISK /MBR - Te repito, solo si estas seguro que no tienes virus, pues puedes hacer que la pc no encienda más. Si todo esto no funciona, tendrás que hacer revisar el disco, porque seguramente el sector de arranque del mismo esta dañado.

Como puedo usar un antivirus en ms-dos, me podrías recomendar uno y como lo conseguiría.
Otros datos sobre el error
Mir me aparece inmediatamente cuando la prendo, yo tenia instalado windows xp y sospecho que tal vez es el archivo que te dejaba elegir entre windows xp y el otro sistema operativo instalado, porque a pesar de que tenia windows me esta opción me seguía saliendo después de haber borrado el win xp incorrectamente.
Ya tenia instalado bien el win98se pero borre unos archivos en c: que consideraba inútiles porque pensé que eran de xp.
Si te sirve te digo que es una laptop sony pIII 650mhz, 18gb y 256 ram.
Espero te sirva esta información para ayudarme.

Acabas de confirmar lo que te decía. Tanto W2000, WXP, WNT 4.0 y linux, tienen gestores de booteo(te dejan elegir con que sistema arrancas). Si no es muy importante los programas que tienes instalados en la PC, elimina la partición de la misma, y formatea al disco, de nuevo, ahora si los programas son demasiado importantes, te recomiendo la lleves a una casa especializada. Lo que yo haría en ese caso seria: Con utilitarios especiales como Partition Magic, realizar una nueva partición en tu disco sin perder los datos que tienes, en esa partición cargar W2000 para obtener de nuevo el gestor de arranque, desinstalar W2000 y unir (con partition magic) de nuevo las particiones para que te quede una sola. Pero te repito, lo más fácil y económico es eliminar partición y formatear
Un saludo - Hugo

Donde consigo el partition magic y lo utilizo en ms-dos o windows. Si lo uso afectaría mis datos o no.

Si lo usas con moderación, no tendrías que tener problemas. El partition magic para dos es el 4.0, pero si tienes acceso a windows, entonces te recomiendo el 7. No puedes usar ni el 5 no el 6 porque funcionan en windows pero tienen que arrancar en modo DOS para hacer las tareas y WMe no te deja. La verdad, supongo que lo puedes conseguir en cualquier página de Warez, una que supe usar alguna vez es http://www.terrorists.cz/warez/index.php, pero ahora se los compro directamente a un tipo acá, que trae las copias de Bs.As.

Puse la página pero no esta el 4.0