Archivos del Win POR IMPORTANCIA.

La verdad es que no entiendo muy bien que es lo que quieres decir con lo que preguntas, pero supongo que lo que quieres saber es que archivos son los más importantes en el sistemas operativo.
Esta pregunta es un tanto compleja, pues para que el sistema operativo funcione necesitas más de 50 archivos. Para que no te hagas un lio son importantes todos los archivos que tienen atributos de sistema. Son importantes el autoexec.bat y config.sys (aunque cada vez menos), command.com, iosys, msdos.sys y algún otro todos estos en el directorio de raíz.
En el directorio windows tienes archivos muy importantes como el win.com, el user.dat y system.dat contienen el registro del sistema, el win386. Swp es el archivo de intercambio de windows.
La carpeta system de windows contienen información relativa al hardware de tu equipo.
La carpeta menu de inicio contiene el menú de inicio, la carpeta escritorio el escritorio...
La carpeta archivos de programas contiene toda la información del software que has instalado en tu equipo.
Como ves tu pregunta es demasiada extensa como para resumirla en 50 archivos, en general la eliminación de uno de ellos provocará que windows no arranque o deje de funcionar, sobre todo la carpeta windows (muy importante no jugar con ella si no se sabe lo que se está haciendo)
En fin si tiewnes más dudas solo tienes que preguntar.
Khepper es dios