Restauración

Hola, ojala me puedan ayudar. Tengo windows millenium y hace poco encontré un virus situado en la carpeta c:/restore_ , no lo pude eliminar y me borró algunos archivos y programa, por esto quise ocupar el cd de restauración que me dieron al comprar el pc, este cd ya lo he ocupado antes, pero al ponerlo, el computador inicio normalmente como si no hubiera puesto ningún cd, el problema no es el lector ya que ya verifique eso. Quiero restaurar porque el pc no funciona bien después de haber estado el virus, necesito ayuda. Gracias, chao