Instalar W98 2E en una partición.

Entra en boot disk.com o boot disk.org y bájate el disco de inicio de windows 98. Cuando te diga donde quieres instalarlo, selecciona la partición que quieres y ya está.

Tu problema es que el orden que debes seguir para lograr esto, es instalar primero el W98, y después el 2000, no hay forma de haer que esto funcione a menos que metas un programa como el Partition Magic, para cambiar tus particiones y deje como inicial la que no tienen nada, aunque es arriesgado, ya que siempre tendrás que hacer este cambio cada que quieras alternar entre particiones.
Suerte.

Lo tienes difícil, cuando quieres tener sistemas operativos duales en una misma máquina siempre tienes que instalar el primero el más antiguo y así sucesivamente, de lo contrario no te dejará instalar porque se piensa que intentas actualizar el sistema operativo con una versión anterior. Lo podrías conseguir haciéndolo desde MS-DOS pero no te lo recomiendo ya que posiblemente pierdas el Windows 2000 y el sector de arranque. Lo ideal sería que guardaras los datos que tengas ahora y empieces a instalar estos dos sistemas pero siendo el primero el de mayor antigüedad, en este caso Windows 98.