Windows ME y discos duros

Hola.
Hace un tiempo instale el Windows 2000 NT en el Windows ME. Todo funcionaba bien hasta que tuve que reinstalar el W2000.
El la instalación de este me ofrecía utilizar NTFS. Acepte sin darme cuenta de que no podría utilizar el Windows ME nunca más.
Cuando prendo mi PC, el sistema me da la oportunidad de seleccionar si quiero operar con W2000 o W ME. Solo puedo seleccionar W2000 por que si selecciono W ME no arranca.
Sin emargo el windows ME sigue instalado (existe su carpeta con todos sus archivos). Pensé que la mejor forma de volver a instalar el Win ME era formateando el disco.
Tengo dos discos duros, y la única forma de formatear la unidad C: es desde MS-DOS
Así que formate el disco C:, que resulto ser el D: (problema que deseo resolver) como resultado perdí todos los archivos del disco duro D: (que no contiene ninguno de los windows).
En modo de MS-DOS cuando tipeo la unidad C: me aparecen los archivos del disco D: (en modo de MS-DOS).
No sucede lo mismo en el EXPLORADOR DE WINDOWS 2000 (único windows que puedo correr)
Lo que trato de hacer ahora es desintalar el W2000 (lo cual no puedo debido a que se debe hacer en modo de MS-DOS y desde la unidad C: la cual no puedo ver debido a que me muestra los archivos de la unidad D:).
Resumiendo:
- Quiero saber si todavía con el Win ME instalado en el disco duro C: puedo hacer que este vuelva a funcionar.
- Reslover los problemas de confusión de los discos duros en MS-DOS.
-* O en su defecto como puedo instalar el win ME en Win 2000. (Se que es casi imposible)
Muchas gracias.
Mario