Tendría que ver la tarjeta de su amigo para corroborar lo que usted dice pues el artículo 14.3 del real decreto 240/2007 es muy claro al respecto:
"Artículo 14 Expedición y vigencia del certificado de registro y de la tarjeta de residencia
1. La expedición del certificado de registro o de la tarjeta de residencia se realizará de conformidad con los modelos que determinen las Autoridades competentes y previo abono de la tasa correspondiente, de conformidad con la legislación vigente de tasas y precios públicos, cuya cuantía será la equivalente a la que se exige a los españoles para la obtención y renovación del documento nacional de identidad.
2. En todo caso, la vigencia de los certificados de registro y tarjetas de residencia contemplados en el presente real decreto, y el reemplazo de éstos por un documento acreditativo de la residencia permanente o una tarjeta de residencia permanente, respectivamente, estará condicionada al hecho de que su titular continúe encontrándose en alguno de los supuestos que dan derecho a su obtención. Los interesados deberán comunicar los eventuales cambios de circunstancias referidos a su nacionalidad, estado civil o domicilio a la Oficina de Extranjeros de la provincia donde residan o, en su defecto, a la Comisaría de Policía correspondiente.
3. La vigencia de la tarjeta de residencia de familiar de ciudadano de la Unión caducará por las ausencias superiores a seis meses en un año. No obstante, dicha vigencia no se verá afectada por las ausencias de mayor duración del territorio español que se acredite sean debidas al cumplimiento de obligaciones militares o, que no se prolonguen más de doce meses consecutivos y sean debidas a motivos de gestación, parto, posparto, enfermedad grave, estudios, formación profesional, o traslados por razones de carácter profesional a otro Estado miembro o a un tercer país.
Esta caducidad por ausencia no será de aplicación a los titulares de tarjeta de familiar de ciudadano de la Unión vinculados mediante una relación laboral a organizaciones no gubernamentales, fundaciones o asociaciones, inscritas en el registro general correspondiente y reconocidas oficialmente de utilidad pública como cooperantes, y que realicen para aquéllas proyectos de investigación, cooperación al desarrollo o ayuda humanitaria, llevados a cabo en el extranjero. Tampoco será de aplicación a los titulares de dicha tarjeta que permanezcan en el territorio de otro Estado miembro de la Unión Europea para la realización de programas temporales de estudios promovidos por la propia Unión.
4. Sin perjuicio de la obligación de los ciudadanos de los Estados miembros de la Unión Europea y de los restantes Estados parte en el Acuerdo sobre el Espacio Económico Europeo así como de sus familiares de solicitar y obtener el certificado de registro o la tarjeta de residencia y sus correspondientes renovaciones, los mismos podrán acreditar ser beneficiarios del régimen comunitario previsto en el presente Real Decreto por cualquier medio de prueba admitido en Derecho."
Es por ello que, de ser todo así, su amigo podría volver a entrar en España y su tarjeta no habría caducado. Muchas veces los funcionarios desinforman y crean mucha confusión sin que yo llegue a comprender el motivo o la intención de esa conducta, que pudiera ser constitutiva de prevaricación.
Lo que debe hacer su amigo es solicitar que alguna autoridad colombiana le acredite y certifique que ese periodo de ausencia se debió a motivos de prestación del servicio militar. Una vez tenga ese documento deberá legalizarlo conforme a la legislación colombiana (apostilla de La Haya o legalización consular) y una vez legalizado podrá hacerlo valer ante las autoridades españolas.
Considero que actuando así no debería tener problemas para mantener su residencia vigente.