Alegaciones posibles para una infracción leve de Hacienda

Cronológicamente los hechos son éstos. Mi padre era autónomo y se jubiló en el mes de abril del año 2012. Los dos primeros trimestres presentamos las declaraciones sin actividad (apogeo de la crisis económica) pero cometimos el gran error de no presentar la declaración anual del IVA de ese año. En mayo de este año recibimos una notificación de Hacienda en la que se nos insta a presentarla. La presentamos reflejando que no hubo actividad alguna en dichos meses. Recientemente hemos recibido otra notificación donde se refleja que hemos presentado lo que se nos requirió pero lejos de dar por zanjado el asunto se nos comunica que hemos cometido una infracción leve y que hemos de abonar una multa de entre 150 y 200E o presentar las alegaciones pertinentes. Escribo a este foro en busca de ayuda porque me parece completamente desproporcionado que se nos haga pagar una multa cuando ya se ha regularizado de modo correcto y cuando ello no ha supuesto absolutamente ningún perjuicio a nadie, ya que como digo esos meses fueron sin actividad. Huelga decir que ni hemos tenido ni tenemos ningún otro expediente abierto con Hacienda y por ello aumenta más nuestra indignación de ciudadanos contribuyentes honestos, ¿A alguien se le ocurre algún tipo de alegación ante semejante desvarío?