Una de las primeras cosas que puedes probar es desfragmentar (reorganizar), el disco duro con este programa. El disco duro al desorganizarse internamente ralentiza al equipo
Defraggler
Y analizar el ordenador con dos programas (independientes) anti Malware (bots), que a menudo no son reconocidos por el antivirus convencional y ralentizan mucho, sobretodo la navegación o la apartura de carpetas
http://es.malwarebytes.org/
http://sourceforge.net/projects/hjt/
Si tienes una torre o un portátil, puede estar sobrecalentándose por algún motivo, podrías conocer las temperatura de diversos componentes (procesador central, tarjeta gráfica, discos duros), con "HW Monitor", un útil programa de monitorización
http://www.cpuid.com/softwares/hwmonitor.html
En función de tu procesador y gráfica, las tempoeraturas serán más o menos anormales, comentanoslas si quieres para salir de dudas.