Normalmente pasa porque el eje del ventilador que hay encima del disipador del microprocesador está sucio y lleno de polvo.
Lo recomendable, por lo menos lo que he hecho yo y ha funcionado, es, sobre todo en caso de ser una torre, llevalo a algún sitio donde tengan un compresor de aire, abrelo, y echa aire a presión sobre el ventilador, hasta que veas que no queda polvo.
Si es un portátil, hazlo igual, pero no tienes porque abrirlo, basta con que eches el aire comprimido por la rejilla de ventilación.
A la larga, si no se soluciona, el ventilador girará más lento, o a golpes o dejará de girar.
Si aún así sigue haciendo ruido, cambia el ventilador, son baratos y es sencillo.
No te compres ninguna botella de esas pequeñas de aire. Tienen menos presión y te dejarán la estancia llena de polvo. Mejor busca algún sitio que tenga un compresor, un taller o una gasolinera.