I. Hola Asnosabe, mi experiencia personal ha sido que resulta indiferente tener un sólo disco duro con dos particiones, o dos discos duros independientes con una sola partición cada uno; los virus pueden "saltar" de un disco duro a otro para contaminarlo, con la misma facilidad que pasar de una partición a otra, (de C: a D:, por ejemplo), imagino que esto es así porque una vez en el sistema operativo los virus tiene acceso a toda la estructura del ordenador, que los componentes estén separados entre sí no supone nigún obstáculo para que los virus puedan ir pasando de un sitio a otro. De hecho, hace unos veinte o veintidos años, eran muy comunes los virus que borraban la Bios (que está contenida en una ram física de la placa base), de estaforma, eran capaces de pasar del disco duro a la placa base.
Tambien, al hacer una partición, lo único que hacemos es dividir el diso duro en dos partes, el equipo lo reconoce como dos discos duros independientes, pero lo cierto es que dos discos duros reales independientes entre sí, es exactamente lo mismo para el ordenador y para el virus. En mi caso, a finales de 2003 compré un nuevo discio duro de 80 Gb porque el disco duro principal de 8 Gb estaba empezando a fallar, los primeros meses mantuve los dos discos, mantuve de maestro el de 8Gb y configuré como esclavo el de 80Gb. Windows seguía instalado en el disco duro antiguo de 8Gb, y estuve instalando varios programas en el disco duro de 80 Gb. Lo que ocurrió es que un virus contenido en el disco antiguo saltó al nuevo, infectando varios programas. Es necesario siempre estar protegido por un buen antivirus, gratuito o de pago (por ejemplo "AVG" es bastabnte bueno a mi modo de ver), y tambien analizar el equipo de vez en cuando con programas anti malware/bots, programas maliciosos que no son detectados normalmente por los antivirus normales. Este tipo de virus no es dañino en especial pero realentizan el funcionamiento del ordenador y lo exponen o hacen más vulnerable a ataques mucho mayores. Algunos de ellos son: Malwarebytes, HiJackThis o S&D Spybot.
Pienso que no hay diferencia alguna entre particiones>>discos reales, pero tal vez esté en un error (no localizo ninguna información que lo confirme), quizá otra persona pueda darte otra respuesta más documentada.