Tengo un megane 1998 bicuerpo y cada lluvia que hay encuentro bastante agua adentro

Es bien complicado ya que la única opción de tu problema seria que en el motor existiera un cuerpo de la calefacción la cual estuviera quebrada o abierta ya que mencionas que ocurre cuando hay lluvia. Habría que chequear de forma visual, sellar en caso de ser así, y probar con una manguera con agua simulando la entrada de agua de lluvia, además seria bueno ver por donde se encuentra el ingreso de aire del exterior del vehículo a la calefacción o aire acondicionado. Para descartar que ingrese por hay.