La obligación de declarar a Hacienda la retención del IRPF corresponde a la empresa respecto a su trabajador.
Existe la posibilidad de que el trabajador no presente la declaración del IRPF por no estar obligado a ello, y la empresa no le haya practicado retención alguna en su nómina, como es su caso.
Esta situación en principio es legal, cuando el contrato sea superior al año y por circunstancias propias del trabajador y este resultado lo ha obtenido la empresa al aplicar unos calculadores o simuladores para el cálculo de las retenciones sobre el IRPF.
Cuestión distinta es que los cálculos realizados sean erróneos. En ese caso Hacienda, caso de percatarse de ello, entiende que la obligación de retener por parte de la empresa ha sido incumplida, pudiendo satisfacerse con los bienes de la empresa, o en caso de que no disponga de ellos, el administrador responde solidariamente con su propio patrimonio.
En conclusión, a la vista de lo anterior, usted no tendría ningún tipo de problemas.