¿Pueden dos locales compartir salida de humos?

Depende de varios temas. No es lo mismo que sea una salida para gases que para humos de combustión, que son dos temas muy distintos.

Es decir, no es lo mismo una salida de ventilación de un baño, o de un horno eléctrico de un obrador de pan de los que se ponen ahora, que un extractor para una cocina de gas.

Lo que tampoco indicas es si lo que hay en el medio de los dos locales es ya un conducto o si lo que hay es un hueco que llega hasta cubierta por el que se pueden pasar tubos diferenciados para cada local.

Si que es cierto que el ayuntamiento puede negarse a permitir ciertas obras, ya que no es obligatorio que un local comercial sirva para todos los usos comerciales. Es decir, si un local no reúne ciertos requisitos por ejemplo como tu dices, de extracción de humos, podrá servir perfectamente para una zapatería, por poner un ejemplo, pero no para un restaurante.