Es bien sabido que los antibióticos se metabolizan en el hígado, y pueden tener excreción renal o intestinal. Entonces, pacientes deshidratados, desnutridos por la enfermedad, reciben antibióticos controlando o curando la enfermedad, pero a expensas de un sobresfuerzo de los sistemas hepático, renal e intestinal.
En esos términos es posible ocasionar insuficiencia renal aguda, insuficiencia hepática y diversos tipos de colitis o inflamación del colon. Es de recordar que tratamientos prolongados de antibióticos desequilibra la flora intestinal, produciendo a la larga una disbacteriosis; produce anemia al disminuir el porcentaje de glóbulos rojos. Se habla también de algunos problemas de autoinmunidad. Existen hipótesis que niveles prolongados de antibióticos puede ser desencadenante de lupus, una enfermedad irreversible del sistema inmunológico que incide sobre varios sistemas orgánicos.