Creo que estas mezclando conceptos distintos que tienen nombres parecidos.
- Homocigoto: Genotipo de un individuo para un determinado gen que contiene dos copias idénticas (alelos idénticos).
- Cromosomas homólogos: Cada uno de los cromosomas del mismo par.
Usualmente los cromosomas homólogos contienen los mismos genes en el mismo orden o posición. Cada cromosoma contiene distintos genes que regulan aspectos distintos de la bioquímica cel·lular. Haciendo una analogía son como los libros dentro de una biblioteca. Los genes son como libros y los cromosomas como bibliotecas. Los cromosomas homólogos contienen los mismos genes colocados en el mismo orden (analogía, en la misma estantería). Aunque los cromosomas contienen los mismos genes en el mismo orden puede haber pequeñas variaciones en lo que dice cada libro en concreto (como las ediciones de los libros) es lo que se llaman alelos.