Como puedo llevar un archivo de documentos contables?

Lenny Doncel, primero, ¿te refieres a llevarlo en un método tradicional como en papeles o en un método electrónico? Pues si es el último, te recomiendo llevarlo con software como Excel de Microsoft, es muy bueno para llevar la contabilidad pero es poco ineficiente en cuestiones de auditoria; para ser más especifico hay software especializado para estos ambitos y te recomendaría ver esta página:

https://mysoftwar.wordpress.com/2011/05/03/top-ten-software-erp-en-el-mercado/ 

Aquí donde vivo, hay un software muy bueno y es muy enfocado a lo que pretendes hacer, se llama "Fenix" y es de Ecuador pero no se si sea viable para otro país pero puedes contactarlos y pedir asesoria!

http://www.fenixcorp.net/ 

Espero que te sirva lo expuesto por mi y te deseo mucha suerte!