Hay varias cosas que concretar para contestarte adecuadamente a la pregunta que haces.
Si has hecho una reforma con proyecto técnico, dirección de obra y licencia municipal, tienes que tener un técnico responsable de la correcta ejecución de los trabajos además de la empresa que los realizó.
Si tienes algún problema con la obra debes de avisarlo (debería de haber ido él por la obra a realizar alguna visita, pero por desgracia, hay algunos técnicos que visitan muy poco la obra) y que haga un informe claro de las deficiencias que hay y como se deben de solucionar. Es su obligación.
Además es el técnico el que debe de entregarle el Certificado Final de Obra. Si te lo entrega, está asumiendo que la obra se ha ejecutado correctamente y desde el día que firme en ese documento y durante 10 años el técnico es responsable de los vicios y patologías que se produzcan en la vivienda.
Si has hecho una reforma menor (de acabados y pequeñas modificaciones) sin proyecto técnico, pero con licencia municipal, no estás obligado a presentar ninguna documentación en el ayuntamiento. Si consideras que te han realizado obras defectuosas y no llegáis a un acuerdo, debes de buscar un técnico que te pueda realizar un informe de las tareas que están mal ejecutadas y el coste que tendría realizarlas correctamente.
Con ese documento y el valor que se estime, intentas llegar a un acuerdo con el contratista o sino, no te quedará más remedio que acudir al juzgado.