Tu planteamiento es un poco dudoso,
Te dejo varias respuestas:
Si tu equipo es personal y acceden otras personas y no quieres que accedan a tus carpetas y archivos entonces crea perfiles de usuarios con restricciones (esto se puede perfecto con Windows 7 en adelante) y no verán tus archivo.
La otra opción es que te descargues un programa "Lock" para encriptamiento de información y de esta forma permanecen con contraseña.
Si lo que deseas es que vean las referencias de archivos es un tanto riesgoso, recomiendo tener respaldos y esos archivos tenerlos bajo contraseña, por ejemplo los archivos de documentos se pueden poner con contraseña y marcar como solo lectura.
Si estás en una red de trabajo y tu eres un usuario de tantos y tienes abierto el permiso para que accedan a tus archivos por la red, entonces recomiendo cambiar los derechos en tu compartimiento de archivos y carpetas como acceso restringido.
¿Exactamente a que tipo de seguridad te refieres?