Juan Ángel, el problema que tienes se debe en mayor parte a que la junta de dilatación está haciendo su función, que es sencillamente permitir el movimiento de las diferentes soleras evitando males mayores. Cuando lo tapas con cemento evitas en parte que la junta actúe como debe, pero llegado el verano y las temperaturas más altas, el poder de contracción de las soleras es más fuerte que la propia masa de cemento y esto hará que la junta reduzca su anchura haciendo a su vez que dicho cemento sea expulsado hacia arriba. También es muy posible que durante el invierno el efecto sea el contrario, que se manifieste una grieta o fisura pero el cemento no salte.
Bien, hay varias soluciones para este tipo de juntas dependiendo de sus características. Una de las más comunes, sencilla y generalizada hoy día es sellarla con masilla de poliuretano de tipo PU (similar a la silicona), ya que estas además de absorber el movimiento de los diferentes pavimentos bien sea por cambios de temperatura, o de cualquier tipo, ofrecen buenas propiedades en cuanto a resistencia mecánica, temperatura, desgaste o dureza. Hay marcas como Sika, Quilosa, Weber y muchas otras que la tienen. Si la rellenas con cemento, deduzco que esta tiene una anchura superior a 1 cm, si es así, recomiendo además que antes de aplicar la masilla introduzcas un fondo de junta para que la masilla no supere en profundidad más de la mitad de la anchura, de manera que el sellado permita el movimiento. También te aconsejo que no apliques con polvo, humedad o manchas de aceite y que además uses una imprimación para garantizar el agarre de la masilla a las paredes de la junta. Todo esto no evitará un mantenimiento posterior. Los pasos a seguir serían 1.- limpiar en seco bien la junta 2.- Introducir el fondo de junta 3.- proteger con cinta de carrocero los bordes exteriores (en caso de ser necesario) 4.- Aplicar imprimación con brocha 4.- Sellar el poliuretano mediante pistola de sellado 5.- Pasar suavemente un trapo humedecido por la superficie para igualar rugosidades 6.- retirar la cinta de carrocero y listo. Otra solución común en el caso de que la junta tenga una anchura superior a 2,5 cm, podría pasar por instalar algún tipo de junta metálica (que permita el movimiento) de las muchas que hay en el mercado, eso si minimiza considerablemente el mantenimiento a pesar de que el coste sea superior.