Pluriactividad ¿Cómo gestiono todo para la baja por maternidad?

Estoy embarazada de poco tiempo. Estoy dada de alta como autónoma y por cuenta ajena. Cumplo los requisitos para cobrar por las dos partes.

Quería saber si me podríais explicar los pasos a seguir para pedir la prestación para los dos sitios, también en caso de tener que cogerme la baja por riesgo laboral ya que estoy en un quirófano.

Como autónoma me podría sustituir mi padre que también está dado de alta y se dedica a lo mismo.