Declaración renta. Lo declarado por la empresa no coincide con mis nóminas (fraude)

Ayer fui a realizar la declaración de la renta del año 2016. Cuando vi el borrador inicial me salía a devolver unos 10€. Tras incluir todos los datos faltantes donde se encontraban cosas como deducciones por el alquiler (me permitía desgravarme en torno a 1000€), el funcionario me dijo que me seguía saliendo a devolver 10€, ya que mis retenciones eran de 0€. Pero esto no es correcto, porque durante todo el año se me ha estado reteniendo algo más del 7% (unos 88€ mensuales, lo que hace más de 1000€ en retenciones). Además me he dado cuenta de que en el "importe íntegro" de "retribuciones dinerarias" me han puesto unos 3000€ menos (supongo que los habrán metido como dietas). Lo único correcto son los gastos deducibles por "seguridad social y otros". Es decir, que la empresa, a la cual no pertenezco hace 2 meses, ha estado cometiendo un fraude porque no ha declarado mis retenciones y de mi salario me ha quitado 3000€ para meterlos como dietas. Le comuniqué al funcionario que no era posible que tuviese 0€ en retenciones y me dijo que fuera a hablar con la empresa, así que no se ha cerrado la declaración.

Probando desde mi casa, he metido en el borrador los que serían los datos correctos teniendo en cuenta mis nóminas y paso de los 8€ iniciales a devolver a casi 800€ a devolver. Así que estoy perdiendo casi 800€.

Además, revisando la declaración del año anterior (2015) me he dado cuenta de que me la "colaron" y me pusieron menos dinero en retenciones de lo que correspondía y menos dinero en retribuciones dinerarias (2000€ menos de lo que tocaba, supongo que en dietas las meterían). Pero tonto e ignorante de mí fui directamente a realizar la declaración y como me salía a devolver algo más de 200€ pensé que la empresa lo había hecho todo de forma correcta y legal, cuando podrían haberme devuelto más dinero.

Esta mañana he llamado a mi ex empresa pidiendo explicaciones al respecto. Me han puesto excusas de que la empresa estaba pasando por un mal momento y me han insinuado la posibilidad de pagarme en B lo que me correspondería, y que presente la declaración como estaba en un principio.

¿Qué puedo y qué debería hacer? ¿Pedir qué hagan una complementaria de lo que no han declarado para que me salga en la declaración lo que toca? ¿Pedir una rectificación de la renta del año anterior (2015) u olvidarme de lo que me tendrían que haber devuelto? ¿Denunciarlo? ¿...? A ver si al final me voy a quedar sin cobrar lo que toca y/o Hacienda me va a reclamar algo a mí.