La regulación del régimen especial de agencias de viajes no permite la deducción de las cuotas de IVA soportado en las compras que redunden directamente en beneficio del viajero. Esto es, las compras que estén directamente relacionadas con servicios turísticos (Transportes y/o alojamientos, y servicios accesorios). En consecuencia, este tipo de compra se registra en contabilidad como todo gasto sin desglose de IVA (600 a 400). Aunque no lo pregunte, a las ventas le ocurre lo mismo de manera que se haría un asiento de clientes (430) a ventas (700). El margen sujeto de este tipo de operaciones generarían un crédito ante la Agencia tributaria, generándose un menor ingreso para la agencia (709 a 477).
Actualmente, es posible renunciar al régimen especial si se dan los condicionantes que establece la LIVA (Art. 147). En este caso, tanto las compras como las ventas se registrarían de forma habitual con desgloses de IVAs (soportado y repercutido).