En primer lugar hay que distinguir entre Impuesto sobre el Incremento de Valor de los Terrenos de Naturaleza Urbana (municipal) y el IRPF. La cuota a pagar se calcula en función de la ganancia patrimonial obtenida por el aumento de valor del inmueble en el momento de su transmisión, pero en este caso parece no haber ganancia. Es posible que no deban de pagar nada en el IRPF por haber perdidas pero sí en plusvalía municipal ya que hay ayuntamientos que exigen su pago con independencia del valor en el momento de su transmisión.
Ahora bien, esta pregunta debería de estar en tributación, fiscalidad, impuestos... y no en herencias. Le recomiendo que pida información o asesoramiento a un experto en la materia. Yo no lo soy, pero espero haberle sido de ayuda.