Exencion de tributacion por adquisicion vivienda habitual

He vendido mi vivienda habitual y obtenido unos beneficios los cuales han sido destinados a la compra de otra vivienda habitual. De la venta de mi anterior vivienda quedaba pendiente un préstamo por liquidar, el cual es liquidado con los beneficios obtenidos. La adquisición de la nueva se realiza con los beneficios obtenidos de la venta menos la liquidación de préstamo pendiente, y la obtención de un nuevo préstamo para la adquisición. Por consiguiiente todo el beneficio ha sido reinvertido en una vivienda habitual y esta exenta de tributación, según mi parecer.

La AEAT me pidió una serie de documentos para comprobar todo lo dicho, y ahora después de la revisión me dice que del importe que debía del primer préstamo, solo queda exento de tributar un porcentaje del mismo, osea el mismo que me deducía por adquisición de primera vivienda ya que era anterior al 2013.

Por tanto según ellos el beneficio obtenido es mayor.

Mi pregunta es la siguiente: ¿Esto es así? Porque yo tuve que liquidar al banco la totalidad del préstamo pendiente, no un porcentaje.

No queda claro que al tener que solicitar nuevo préstamo hipotecario para adquisición de la nueva vivienda he reinviertido todo el beneficio en adquirir una vivienda habitual.?