Todo depende del número de discos duros que tenga tu PC. Si sólo tienes un disco duro puedes particionarlo antes de formatear.
Hay algunas marcas, como HP o ACER por ejemplo, que tienen preinstalado un software que se puede utilizar para restaurar el equipo a su estado original. Dicho software viene instalado en una partición aparte. Se accede a él pulsando las teclas F8, F10 o F12 (no recuerdo exactamente las teclas concretas pero suele indicar qué tecla es en la pantalla cuando estás reiniciando el equipo).
Utilizar el software implica el borrado de todos los datos del disco que no vengan con el equipo originalmente.
Si quieres salvar los datos puedes hacer varias cosas.
Lo que te recomiendo es salvar los datos en un disco duro aparte, o bien en una memoria USB pero aparte siempre. Es la mejor opción para recuperarlos después.
Si quieres puedes utilizar alguna aplicación (las hay gratuitas http://bloginformatico.com/6-programas-gratis-para-particionar-discos-duros-en-windows-gestion-de-particiones.php) para crear una nueva partición en tu disco duro. Una partición nueva en el disco duro se comportaría como un disco duro adicional. (Antes de utilizar estas aplicaciones yo salvaría los datos aparte, cualquier medio que uses para crear una partición supone riesgo que perder toda la información.)
Si consigues añadir una partición adicional sin problemas, después tendrías que salvar tus datos en esa partición y utilizar el sofware de recuperación del equipo (que en teoría respetará esa partición), o formatearle tú manualmente. Si usas FDISK al formatear manualmente tu partición nueva debería aparecer entre las detectadas en el disco. El comando para formatear el sector de arranque si has tenido problemas con virus creo recordar que es FDISK /mbr.
Te pongo un enlace de Microsoft para recuperar el SO W10. https://support.microsoft.com/es-es/help/4026528/windows-reset-or-reinstall-windows-10
No te puedo ayudar mucho más. Sólo insistir en que la mejor idea es siempre salvar los datos aparte.