Entre los efectos secundarios más frecuentes de la píldora del día después se encuentran la aparición de sangrado no relacionado con la regla, retraso o adelanto del comienzo de la siguiente menstruación, sangrado irregular, aumento de la sensibilidad de las mamas, fatiga, cansancio, dolor de cabeza, cefalea, mareos, pies hinchados o edemas, dolor abdominal y náuseas.
También puede producir diarrea o incluso vómito.
No se sabe con certeza, depende de cada mujer, del momento en el día de su ciclo en que se la tomó, unas mujeres no presentan efectos secundarios, a otras se les agravan los efectos, puede durar un par de días o un par de meses. Depende de la sensibilidad de cada mujer, la pastilla contiene una carga grande de hormonas, es por eso que afecta de diferente manera a cada persona.