No sé si podré ayudarte pero vamos a intentarlo. Creo que podría ayudar algo saber que modelo era el equipo antiguo, el que se ha roto, y que modelo es el "nuevo". Como te decía en otro mensaje los equipos con MSDOS nativo solían tener dos puertos serie (COM1 y COM2) en la propia placa base o motherboard. Con frecuencia uno tenía un conector de 25 pines (DB25) y el otro un conector de 9 pines (DB9) pero con el conversor adecuado se podía trabajar con cualquiera de los dos. Entiendo que un puerto serie del equipo se utiliza para conectar una pantalla táctil, por lo que no está disponible. Pero podría ser que si estuviera disponible el otro puerto serie si, como supongo, tuviera 2. En ese caso tal vez no fuera necesario usar el puerto serie que genera la tarjeta PCI.
De lo que dices sobre los drivers deduzco que se cambió el disco duro del equipo antiguo al nuevo. Si es así sería importante ver los archivos CONFIG.SYS y AUTOEXEC.BAT porque nos pueden dar alguna pista de lo que hacía el equipo antiguo, de la ubicación de los drivers y de alguna otra cosa. Por si no lo sabes, esos archivos están en la carpeta raíz del disco duro, es decir que se podrían ver con:
C:\>TYPE CONFIG.SYS
C:\>TYPE AUTOEXEC.BAT
Otro punto importante es saber como se ejecuta el programa que se conecta con el controlador de los motores porque a veces se lanza a través de un BAT en el que se configuran cosas como el puerto que se va a usar.
Si puedes facilitar esta información tal vez se nos ocurra algo. Y cualquier otra que consideres que puede aportar algo.