Soy autónomo y tengo una propuesta de trabajo por cuenta ajena. ¿Puedo hacerlo?

Si, puedes hacerlo sin problema, depende de la cotización tendrás que comunicarlo para que no haya un exceso, pero si lo es los fines de semana no llegarás al tope.

Respecto al IRPF, te retendrán lo normal como si fueses un trabajador más, ya que luego en Declaración de la Renta es donde pagarás el impuesto correcto.