Permiso para hacer pruebas médicas fuera de la comunidad

Estoy mi convenio recoge los permisos remunerados para ir al médico. Me deben hacer unas pruebas en el hospital de Barcelona y serán en dos días. Yo soy de Alicante, así que no puedo ir y venir. He avisado al departamento de recursos humanos de que esos días no asistiré por motivos médicos y que llevaría justificante y me han contestado que debo pedir la baja laboral para esos días. ¿Eso es legal?